En 1990, les architectes Valentin Fabre et Jean Perrottet sont mandatés pour une première transformation de la MC93, composée d’une restructuration et d’une extension du bâtiment. Cette opération porte sur un agrandissement du hall, la création d’un ascenseur PMR et la transformation de la salle d’exposition en cafétéria. L’extension a permis la construction d’une arrière-scène, de dépôts, de loges, et d’une salle de répétition.
Dix ans plus tard, une nouvelle opération est effectuée par les architectes à la MC93. Celle-ci se définit par une extension majeure de l’édifice avec une avancée de 7m de la façade vitrée prolongeant le hall. Cette extension permet un agrandissement de la cafétéria et la création d’un escalier monumental desservant la petite salle. Des bureaux, un dépôt, un atelier et un monte-décors sont également ajoutés au projet, offrant une meilleure gestion de l’établissement. Ces extensions lui ont permis de se développer sur une surface de plus de 11 000 m², transformant la MC93 en un véritable outil fonctionnel au service de la création contemporaine.